Svrha Priručnika je edukacija o primjeni mjera očuvanja bioraznolikosti kako bi se izbjeglimogućinegativni učinci provedbe radova održavanja vodotoka na živi svijet te istovremeno postigla učinkovita zaštita od štetnog djelovanja voda  -

U okviruprojekta Razvoj okvira za upravljanje ekološkom mrežom Natura 2000 izrađen je međusektorski dokument Priručnik za primjenu mjera očuvanja slatkovodnih ekosustavanamijenjendionicima iz područja vodnog gospodarstva izaštite prirode.

Riječ je o jedinstvenom dokumentu kojim se pojašnjavaju radovi ipropisani uvjeti zaštite prirode u provedbi programa održavanja voda, odnosno primjeni mjera očuvanja bioraznolikosti.

Naime, zbog različitog tumačenja tipskih radova i mjera koje se za njih propisuju, korištenja mehanizacije te neodgovarajuće primjene propisanih mjera očuvanja bioraznolikosti,uočena je potreba za praćenjem učinkovitosti primjene mjera očuvanja, ali injihovom detaljnijom razradom.

Priručnik, kojeg nadopunjava Terenski priručnik za primjenu mjera očuvanja slatkovodnih ekosustava, prikazuje, kroz primjere dobre prakse, unaprjeđenje mjera koje se provode s ciljem očuvanja slatkovodnih ekosustava. Na ovaj se način svim dionicima koji sudjeluju u provođenju i nadzoru provedbe mjera iz područja vodnog gospodarstva izaštite prirode omogućava bolja međusobna koordinacija te učinkovitije očuvanje bioraznolikosti,kao i zaštita od štetnog djelovanja voda.

Primjerice,bez primjene odgovarajućih mjera očuvanja,uklanjanje vegetacije može dovesti do povećane erozije obale, smanjenja mikrostaništa za životinjske vrste te posljedično tome povećanja temperature vode u koritu, što utječe na smanjenje bioraznolikosti.

Priručnik sugerira aktivnosti potrebne po završetku radova, koje se odnose na sadnju ili zasijavanje zavičajne vegetacije, važnog elementa snižavanja rizika od erozije, kao i sprječavanja širenja invazivnih stranih biljaka.Na ovaj se način kroz mjere očuvanja bioraznolikosti,koje za cilj nemaju zaustavljanje sveukupne razvojne aktivnosti,podupirenačelo održivog razvoja.

Zašto je važno primjenjivati mjere očuvanja bioraznolikosti  kod izvođenja radova iz sektora vodnog gospodarstva:

Prilikom radovaiz sektora vodnog gospodarstvaintervenira se u staništa brojnih biljnih i životinjskih vrsta. Primjerice, na prijelazu vode i kopna razvija se takozvana riparijska vegetacija. Onana pokosu i obali stvara koridor za kretanje životinja koje žive na kopnu i u vodi.

Na tom području aktivne su brojne životinjske vrste;vidra gradi nastambe između korijenja drvenaste riparijske vegetacije, šišmiši koriste stabla za odmor i kao skloništa; pojedine se vrste ptica gnijezde na stablima i u grmlju uz vodu. Korijenje služi i kao mjesto za polaganje jajašaca beskralješnjaka, vodozemaca i riba, a lišće i kukci koji padaju s riparijske vegetacije hrana su za vrste koje žive u vodi.

Drvenasti materijal koji potječe od ovakve vegetacije ima značajnu ulogu u vodotoku kao hrana za beskralješnjake, ali i moguće sklonište za ribe, rakove i vodozemce. Sjena iznad vode koju daje vegetacija pruža hlad vodenim životinjama, osigurava povoljno stanje kisika u vodi te sprječava razvoj algi. Korijenje ojačava obalu i sprječava eroziju.

Ova dinamična zajednica osjetljiva je na radove pa je provođenjem odgovarajućih mjera štitimo, istovremeno čuvajući prirodu od mogućih posljedica nekontrolirane ljudske intervencije, koje s vremenom imaju negativan učinak na čovjeka.